आनंद बर्द्धन का लंबा प्रशासनिक अनुभव रहा है। 1992 में उन्हें यूपी कैडर आवंटित हुआ था। वह रामपुर, इटावा, पौड़ी, नैनीताल और हरिद्वार के जिला मजिस्ट्रेट और कलेक्टर सहित कई पदों पर रहे। उन्होंने वित्तीय संस्थानों और सार्वजनिक क्षेत्र के उपक्रमों में सेवा की।

विशेष रूप से यूपी सहकारी चीनी कारखाना संघ लिमिटेड के संयुक्त प्रबंधक निदेशक और यूपी वित्तीय निगम के महाप्रबंधक के रूप में काम किया। अपने अभी तक सेवाकाल में बर्द्धन शासन के तकरीबन सभी प्रमुख विभागों की जिम्मेदारी देख चुके हैं। 2010 में हरिद्वार कुंभ मेले में वह मेला अधिकारी रहे।

राज्यपाल व गोपन (मंत्रिपरिषद) के सचिव भी रहे। प्रमुख सचिव के तौर पर उन्होंने खाद्य एवं नागरिक आपूर्ति, सिंचाई, लघु सिंचाई, खनन, सैनिक कल्याण, पुनर्गठन, आबकारी, उच्च शिक्षा, योजना, ईएपी के रूप में कार्य देखे। वह मुख्यमंत्री धामी के अतिरिक्त मुख्य सचिव भी रह चुके हैं। वह आवास, मुख्य प्रशासक, यूएचयूडीए, शहरी विकास, गृह एवं कारागार, राजस्व वन एवं पर्यावरण, ग्रामीण विकास की जिम्मेदारी भी निभा चुके हैं।